当院は1985年4月に蟻田功院長が就任して以来、国際医療協力、特に、開発途上国の医療従事者の研修に力を注いできていました。1986年4月には、当時厚生省から国際医療協力基幹施設に指定されています。この国際医療協力の実績を背景に、1993年10月に臨床研究部が創設されました。当初は、当時の宮崎久義院長が事務取扱となり、1994年4月から河野文夫現副院長が初代臨床研究部長に就任しました。本臨床研究部の研究テーマは、発展途上国の医療協力に必要不可欠な領域の「感染症」が主体で、開発途上国におけるC型肝炎やHIV感染の疫学研究を行うと同時に、院内感染予防の国際ネットーワークを形成してきました。2000年10月にはエジプトのスエズ運河大学病院、2002年5月には中国の広西医科大学と姉妹病院の締結を行っています。
2006年4月から、熊本大学大学院医学教育部に連携大学院「外科学再建医学講座臨床国際協力学分野」を開講しています。2008年4月からは河野副院長(臨床研究部長兼任)が副院長専任となり、外科医長芳賀克夫が臨床研究部長に昇任しています。2009年11月には、タイの国立コンケン病院、エジプトのファイユーム大学病院と姉妹病院の締結を行い、今後共同研究を進めていく予定です。